Teniendo en cuenta la labor de Carlos Manuel de Céspedes en la Asamblea de Guáimaro, en torno a la búsqueda de la unidad y su posición frente al colonialismo español, fue nombrado presidente de la República de Cuba en Armas.

El 12 de abril de 1869 Carlos Manuel de Céspedes fue  electo como Presidente de la República de Cuba en Armas, Salvador Cisneros Betancourt presidió la Cámara de Representantes y Manuel de Quesada y Loynaz fue nombrado Jefe Militar.

Céspedes estaba a favor de un poder ejecutivo fuerte y vertical para conseguir la victoria en el campo de batalla. Además, decidió extender la guerra a toda la Isla para darle un carácter nacional y dividió al país en cuatro estados militares: Oriente, Camagüey, Las Villas y Occidente.

También, defendió el método de lucha irregular, trabajó por el incremento de las expediciones armadas desde el exterior y desplegó una intensa actividad diplomática cursando misivas a distintos gobiernos de América en busca del reconocimiento para la República en Armas.

La historia de la Revolución Cubana tiene plasmada en sus primeras páginas el nombre glorioso de Carlos Manuel de Céspedes, pues con su accionar patriótico, su aguerrida defensa a favor de la independencia y de los derechos de los desvalidos, le hicieron acreedor del título de Padre de la Patria.