El general de las tres guerras de independencia renunció a su cargo; indignado por la decisión de los norteamericanos de impedir la entrada de los cubanos a Santiago de Cuba, una vez consumada la victoria.

Despojado entonces de la responsabilidad como jefe del Departamento Oriental, marchó con sus tropas hacia Jiguaní. Pronto escribiría una carta al jefe de las fuerzas norteamericanas general William Rufus Shafter revelándole con crudeza las verdaderas intenciones de la ocupación del país.

Aquella renuncia no significó jamás el cese de sus luchas a favor de la causa independentista, pues entre el 16 y 17 de agosto de 1898 llevó a cabo el combate de Auras, último de la guerra.

El 13 de septiembre del propio año, el Consejo de Gobierno lo destituyó del cargo de lugarteniente general del Ejército Libertador por considerar que había dejado de merecer su confianza. Sin embargo al entrar en Santiago de Cuba, nueve días más tarde, recibió una gran bienvenida popular.

Resultó elegido delegado a la Asamblea de Representantes de la Revolución Cubana de Santa Cruz del Sur, donde se le designó para presidir una comisión que viajó a Washington con la misión de procurar el reconocimiento de ese órgano, así como los recursos financieros necesarios para el licenciamiento de los miembros del Ejército Libertador.

Considerado uno de los principales estrategas de las guerras de independencia cubanas; Calixto García prestó especial atención a la preparación de las tropas, al trabajo cohesionado del Estado Mayor, a la planificación detallada de las campañas y acciones combativas con el empleo de mapas y croquis, y su dirección desde los puestos de mando.

Fue el jefe que más empleó la Artillería, para la cual exigía dominar los conceptos técnicos y balísticos. Desarrolló el arte de sitiar y tomar ciudades y poblaciones, además de atacar a grandes columnas enemigas. Al mismo tiempo que demostró un gran civismo y un concepto supremo de la dignidad cubana con respecto a los norteamericanos durante la guerra.

Su frente quedaría marcada para la historia, gracias a la salida del proyectil que decidió dispararse, antes de caer en manos del enemigo. Como una estrella, aquella herida devendría símbolo en la vida del mambí.